Os corpos de água que deságuam no litoral paulista são os principais responsáveis pela variação da qualidade das águas das praias, pois recebem freqüentemente contribuição de esgotos domésticos não tratados. O conhecimento da qualidade sanitária dessas águas é fundamental para se compreender os resultados observados no "Programa de Balneabilidade das Praias Paulistas", além de serem úteis na definição de medidas corretivas.
O monitoramento dessas fontes de poluição fecal tem como objetivo fornecer subsídios para o Programa de Balneabilidade das Praias.
Para tanto, desde 1984, a CETESB vem realizando duas campanhas por ano, com a finalidade de avaliar o grau de contaminação dos diversos rios, córregos e canais que afluem às praias monitoradas. Atualmente estão cadastrados e são amostrados, cerca de 600 cursos de água em todo o litoral.
É importante que se faça uma distinção entre os locais onde é feita a avaliação das condições de balneabilidade das praias e aqueles em que se coletam amostras para a caracterização dos corpos de água.
Para a balneabilidade das praias, consideram-se representativos locais em que já tenha ocorrido a mistura das águas do mar com aquelas provenientes de corpos de água potencialmente poluídos. Já para os rios, córregos e canais, é realizada a determinação da densidade de coliformes fecais em zonas em que não haja influência das marés, ou seja, as coletas são realizadas antes do córrego atingir a faixa de areia das praias.
Os corpos de água afluentes às praias e avaliados pela CETESB estão enquadrados, segundo o Decreto Estadual n.º 10755/77, na Classe 2. A Resolução do CONAMA 357/05 estabelece para coliformes termotolerantes um padrão de 1000 UFC/100mL para corpos de água doce Classe 2 ou de água salobra Classe 1.