| Município | Área de amostragem |
| Litoral Norte | |
| Ubatuba | Picinguaba |
| Baía de Itaguá | |
| Saco da Ribeira | |
| Caraguatatuba | Baía de Caraguatatuba |
| Tabatinga | |
| Cocanha | |
| São Sebastião | Canal de São Sebastião |
| Área de influência do Rio Una | |
| Baixada Santista | |
| Bertioga | Área de influência do Rio Itaguaré |
| Canal de Bertioga | |
| Guarujá | Área de influência do Emissário do Guarujá |
| Santos | Área de influência do Emissário de Santos |
| Canal de Santos | |
| São Vicente | Canal de São Vicente |
| Praia Grande | Área de influência do Emissário Praia Grande I |
| Itanhaém | Área de influência do Rio Itanhaém |
| Peruíbe | Área de influência do Rio Peruíbe |
| Litoral Sul | |
| Iguape/Ilha Comprida | Mar Pequeno |
| Cananéia | Mar de Cananéia |